1985~1994년대

이 시기 동안에는 제주시 삼양·용담 용천수 상수원이 새로이 개발됨과 더불어 이미 개발되어 이용 중인 상수원의 시설용량을 확장하는 사업이 추진되었다. 또한, 행정기관 주도로 이루어져 오던 지하수 관정 개발이 관광호텔·여관·목욕탕·농업용 등 개인 용도로 사용하기 위한 목적으로도 활발하게 이루어져 무분별한 지하수 개발에 따른 사회적 관심이 집중되기도 하였다.

지하수개발을 규제할 수 있는 법적인 제도가 없었던 관계로 누구나 마음만 먹으면 지하수를 개발해 사용할 수 있었기 때문에 글자 그대로 무분별한 지하수 개발이 진행되었다. 1989년에 접어들면서 지하수 고갈과 해수침투 등 지하수 난 개발에 따른 부작용 발생에 대한 우려가 제주지역의 현안문제로 부각되기 시작하였고, 지하수 개발규제를 위한 관계법 제정과 지하수 기초조사가 시급히 이루어져야 한다는 여론이 비등하였다. 제주도에서는 지하수 난 개발에 따른 부작용을 방지하기 위해 1992년에 종합적인 관리대책을 마련하기로 하고, 이 대책이 마련될 때까지 지하수공 보호시설 설치, 폐공의 철저한 원상복구, 관련법에 의한신규 지하수 시추제한 등의 조치를 취하도록 1991년 11월 20일 시장·군수에게 특별지시를 하달하였다. 또한, 제주도는 지하수 개발현황을 파악하기 위해 1991년 10월부터 12월까지 시·군 합동으로 지하수 관정현황 조사를 실시하였다. 조사결과, 제주도 내에는 총 1,831공(공공용 357공, 사설 1,474공)이 개발되어 있는 것으로 파악되었다.
1991년 12월 31일 제정 공포된 제주도개발특별법에 지하수 굴착·이용허가 및 지하수 원수대금의 부과·징수에 관한 규정(제25조와 제26조)이 포함됨으로써 지하수를 법적으로 관리할 수 있는 기틀이 전국 최초로 마련되었다. 지하수법 제정이 지지부진하던 그 당시로서는 제주도개발특별법에 지하수 허가제와 원수대금 부과근거를 마련했다는 것은 획기적인 일이었으며,

특히 지하수 개발을 위해 토지를 굴착하고자 할 때에는 환경영향평가 과정을 밟도록 의무화함으로써 무분별한 지하수 개발을 근본적으로 규제해야 한다는 사회적 여론이 법에 반영되었다.
1992년 11월 6일 제주도개발특별법 시행령이 공포되고 시행령 부칙 제2항의 규정에 의해 이미 개발된 지하수 관정에 대한 양성화 신고가 1992년 11월 6일부터 1993년 1월 4일까지 제주도를 비롯한 시·군, 읍·면·동사무소에서 이루어졌다. 60일간의 신고를 받은 결과, 3,169개(담수 2,847공, 염지하수 322공)의 지하수 관정이 신고되었다. 시·군별로 보면, 제주시가 681공이었고 서귀포시 844공, 북제주군 440공, 남제주군 1,204공이었다. 제주도에서는 신고된 관정에 대한 현지조사를 실시한 후 1993년 8월 25일 3,150공에 대한 이용허가를 하였는데, 이 때 온천탐사공과 제동흥산의 먹는샘물 제조용 관정 등 19개 공은 관련법에 의한 절차가 이루어질 때까지 허가를 하지 않는 것으로 통보되었다.
제주도개발특별법 시행조례가 1993년 7월 5일 공포되었으나 제주도종합개발계획의 미확정으로 환경영향평가 대상사업이 확정되지 않아 1994년 6월 2일 제주도 종합개발계획이 확정·고시될 때까지 제주도개발특별법에 의한 지하수 굴착 및 이용허가업무가 이루어지지 못하였다. 그 당시 제주시를 비롯한 시·군에서는 상수도 공급능력 부족으로 아파트 및 공동주택 등의 건축허가 시에는 자체수원 확보를 조건으로 허가를 내주었기 때문에 상당수의 공동주택 건설 사업자들이 지하수를 개발하였으나 양성화되지 않아 문제점으로 부각되었다. 따라서, 제주도에서는 1994년 6월 2일 이전 개발되었으나 허가를 받지 않은 지하수 관정에 대한 양성화를 위해 1994년 12월 26일부터 1995년 2월 23일까지 신고를 받았다. 신고를 받은 결과, 658공의 지하수 관정이 신고되어 도 전체적으로는 3,827개의 관정이 개발된 것으로 집계되었다.
1991년 3월 제주도를 연두 순시한 노태우 대통령이 제주도지사에게 수자원장기개발계획을 수립하도록 지시함에 따라 제주도에서는 건설부에 용역비 10억 원을 지원해 주도록 요청(1991. 4. 11) 하였다. 건설부에서는 1990년 전국을 대상으로 수자원장기종합계획을 확정하였기 때문에 제주도만을 대상으로 하는 수자원장기개발계획수립에 필요한 예산을 지원할 수 없다고 회신하였다(1991. 4. 22). 그러나 제주도의 끈질긴 노력에 의해 1991년 8월 10일 '92년 정부예산에 7억 원을 반영하기로 결정되었고, 1992년 1월 6일 건설부에서 7억 원을 제주도로 내시함에 따라 수자원종합개발계획을 수립할 수 있는 길이 열리게 되었다.

제주도에서는 수자원종합개발계획수립 용역에 필요한 과업지시서(안) 작성을 한국수자원공사와 관계 전문가에게 의뢰(1991년 12월 30일) 하고, 1992년 2월 27일 제주도청 4층 대강당에서 대학교수·전문가·도의원 및 시군의원, 언론인 등 36명을 초청해 과업지시서(안)에 대한 토론회를 열어 의견을 수렴하였다. 제주도는 1992년 7월 13일 수자원종합개발계획수립용역을 한국수자원공사에 의뢰하였는데, 이 용역에는 축척 1/5만 지질도 작성(성산도폭), 기상수문조사, 지하수조사, 장기용수개발계획수립, 광역상수도기본계획수립, 수자원 보전대책 및 관리방안 수립 등의 내용이 포함되었으며, 1993년 9월 2일에는 용역 중간성과 토론회가 제주도청 4층 대강당에서 열렸다. 결국, 1993년 11월 22일 제주도 수자원종합개발계획수립 용역은 완료되었고, 1994년 3월 3일 제주도에서는 용역보고서에서 제시된 사항에 대한 실·국별 추진계획을 수립하여 시행에 들어갔다. 수자원종합개발계획수립 보고서에서는 그 동안 논란되어 왔던 동부지역 해수침투 문제를 비롯하여 지하수위 하강으로 인한 지하수 고갈, 지하수 함양율 및 적정개발량, 지하수 보전관리대책 등 제주도 지하수와 관련된 전반적인 내용이 재정립됨으로써 몇 년 간 지속되어 오던 지하수에 대한 사회적 불안을 해소시켜 주는 역할을 하였다. 또한, 제주도의 기존 용수공급체계의 문제점, 수자원개발 방향, 용수공급 방안 등을 검토할 때, 용수공급은 광역상수도에 의한 체계로 전환하는 것이 가장 바람직하다는 결론이 내려졌다.